楽天ショップで購入すれば必ず1%ポイントが付きますよね。
このポイントと、ポイントサイトからの購入であればアフェリエイトの1%の合計2ポイントは必ずショップが負担する仕組みです。
また、ご質問のように貯まった楽天ポイントを使って購入しても、ショップにはポイント決済代として月単位で現金で口座に振り込まれます。
貯まったポイントはクジであったり、入札で○ポイント、山分けキャンペーンであったりと様々だと思いますが、これは基本的に宣伝広告費が多く出せるお店が「ポイント」と名を変えてそれぞれキャンペーンに参加したショップが楽天から取られています。
ですので、あまり考えられなくてもいいと思いますよ。
(お店側はそれを条件として、お金を支払っているのですから・・・)